No documento do PJe existe um código numérico, logo abaixo do código de barras, que deve ser copiado e colado no campo (Ver exemplo), conforme imagem abaixo:

Após digitar o código numérico e clicar no botão Consultar, a validação da assinatura se dá com a exibição da mensagem "A assinatura é válida para o documento".

OBS: O procedimento para o 2º grau é idêntico ao do 1º grau, apenas muda o link a ser acessado.